Njësit organizative

Sektori i Auditimit të Brendshëm – Njësi e Pavarur

-Departamenti për auditim të rregullsisë, IT auditim dhe auditimi i sistemit të kontrollit të brendshëm

-Departamenti për auditim financiar dhe auditim të punës së sukseshme

- Departamenti për auditimit të strukturës IPA dhe fondeve të tjera të huaja

Sektori për Çështje Finaciare

-Departamenti i koordinimin buxhetor

-Departamenti i kontrollit buxhetor

-Departamenti i kontabilitetit dhe pagesave

-Departamenti i prokurimeve

Departamenti për Planifikim Strategjik

Sektori për kundërvatje

- Departamenti i procesit për kundërvatje

- Departamenti për monitorim dhe zbatimin e kundërvatjes

Sektori i Çështjeve Juridike

- Departamenti për punë normative – juridike

- Departamenti i procedurave administrative

Sektori i Burimeve Njerëzore

- Departamenti për zhvillimin e burimeve njerëzore

- Departamenti për çështje kadrovike dhe për evidentimin e të dhënave personale

Sektori për Analiza të Politikave Bujqësore

- Departamenti për analiza të politikave bujqësore

- Departamenti për regjistërin e vetem të fermave bujqësore

- Departamenti për monitorimin e tregjeve të produkteve bujqësore - ushqimore

Sektori i Koordinimit dhe Asistencës Teknike në Kabinetin e Ministrit

- Departamenti – Kabineti i ministrit

- Departamenti për marrëdhënie me publikun

Sektori për Bashkëpunim Ndërkombëtar

- Departamenti për bashkëpunim me donatorët

- Departamenti i politikave tregëtare

- Departamenti për bashkëpunim me donatorët bilateral

Sektori  i BE-në

- Departamenti i negociatave dhe integrimit në BE

- Departamenti i programimit, zbatimit, monitorimit dhe vlersimit të asistencës IPA

- Departamenti për BE, baza

Sektori i Vreshtarisë, Verarisë dhe Pemtarisë

- Departamenti i vreshtarisë dhe kadastrës së hardhisë

- Departamenti i verarisë

- Departamenti i pemtarisë

Sektori i Bujqësisë

- Departamenti i kulturave bujqësore

- Departamenti i prodhimit organik

- Departamenti i hortikulturës

- Departamenti i blegtorisë

- Departamenti i peshkimit dhe akuakulturës

Sektori i Marketingut dhe Kualitetit të Prodhimeve Bujqësore

- Departamenti i standardeve dhe cilësisë së produkteve bujqësore

- Departamenti për marketingut të prodhimeve bujqësore

- Departamenti për bashkëpunimit ekonomik të prodhusëve bujqësor

Sektori i Pylltarisë dhe Gjuetisë

- Departamenti për rregullimin dhe shfrytëzimin e pyjeve

- Departamenti për rritjen dhe pyllëzimin e pyjeve

- Departamenti për mbrojtjen e pyjeve nga faktorët biotik dhe abiotik

- Departamenti për gjueti, rregullimin e gjuetisë dhe dhënien në përdorim – koncesion

Sektori i Zhvillimit Rural

- Departamenti për zhvillim të qëndrushëm rural

- Departamenti i shkencës, hulumtimeve dhe shërbimeve këshilluse

- Departamenti i politikave kreditore për zonat rurale dhe për sktorin e bujqësisë

- Departamenti për mbështetje të zonave me mundësi të kufizuara për prodhimtari bujqësore

- Departamenti për programim dhe vlersim të IPARD fondeve

- Departamenti për monitorimin e zbatimit të IPARD fondeve dhe raportim

- Departamenti për zbatimin e asistencës teknike të IPARD fondeve

Sektori i Teknologjisë Informative

- Departamenti për infrastrukturën informative të përgjithshme dhe  të sigurisë së sistemit informativ

- Departamenti për zhvillim të sistemit informativ

Sektori për Koordinim të Njësive Rajonale

- Departamenti i njësive rajonale

- Departamenti për organizim, koordinim dhe analizë të njësive rajonale

Sektori për Regjistrimin dhe Menaxhimin e Tokës Bujqësore

- Departamenti për regjistrimin e tokës bujqësore

- Departamenti për menaxhimin e tokës bujqësore

- Departamenti për përmisimin e tokës bujqësore

- Departamenti për shkëmbimin e tokës bujqësore

- Departamenti i sistemit LPIS – Sistemi për identifikimin e parcelave të tokës

Sektori i Policisë Pyjore - pa status të nënpunësit ciliv

- Departamenti i punëve administrative

- Departamenti i kontrollit të brendshëm

- Departamenti i njësive rajonale (stacioneve të policisë pyjore)